В большинстве случаев заражение происходит через FTP или через уязвимость в скриптах сайта

Первое, что необходимо сделать, это посмотреть через браузер исходный код страницы подозреваемого сайта.

Если при заходе на сайт Вы получаете сообщение от браузера или антивируса о том, что возможно данный сайт атакует компьютеры, то это означает, что ваш сайт был заражен вирусом.